15 апреля 1850 г. с Высочайшего соизволения, указом Святейшего Синода, по ходатайству архиепископа Херсонского и Таврического Иннокентия, Инкерманский монастырь был возобновлен и освящен во имя св. Климента. Во время войны 1854-55 гг., обитель сильно пострадала в ходе Инкерманского сражения 24 октября 1854 г. В 60-х годах XIX в, под покровительством Таврического епископа Алексия, трудами настоятеля иеромонаха Ефрема, на средства И.И.Четверикова и Мелюшина и под руководством художника Имераторской Академии Д.М. Струкова были отреставрированы древние храмы, построен дом настоятеля с домовой церковью (освящена 13 августа 1867 г. во имя Св. Троицы).