Ранний Мангуп (V-VIвв.н.э.) занимал в основном территорию верхнего города, расположенного на мысу Тешкли-Бурун (Дырявый). Доступ в него и в настоящее время преграждают руины цитадели. Затем город расширился, и остальные три западных мыса вошли в территорию нижнего города. Позднее была заселена и часть Кожевенного оврага. Верховья Табана-Дере превратились в ремесленный район.На Сосновом мысу до конца существования города оставался пустырь, своего рода запасная территория, хотя все его расселины и были закрыты стенами. Пустыри, расположенные за пределами оборонительных стен мысов Чуфут-Чоарган и Чамны, в момент опасности тоже использовались: здесь укрывались от врагов жители расположенных вблизи Мангупа селений вместе со своим скотом и движимым имуществом.